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2021年7月，谷歌旗下DeepMind团队和欧洲生物信息研究所（EMBL-EBI）合作，发布由人工智能系统AlphaFold预测的蛋白结构数据库（AlphaFold Protein Structure Database）。这一数据库包含了AlphaFold人工智能系统预测的约35万个蛋白结构，覆盖包括人类以及20种生物学研究中常用模式生物（大肠杆菌、果蝇、斑马鱼、小鼠…）。在人类蛋白质组方面，A
1. 本研究介绍了 PrefixProt，这是一个新颖的框架，它通过利用预训练蛋白质语言模型 (ProtLM) 上的前缀调整来实现可控蛋白质设计。它使用学习到的虚拟标记作为模块化控制标签，引导蛋白质生成朝着所需的结构和功能特性发展。 2. PrefixProt 最引人注目的特性在于它能够通过组合不同的虚拟标记来生成具有多种用户自定义属性（例如结构和功能）的蛋白质，而无需重新训练基础模型。这种组合
１．本研究提出了蛋白质折叠进化模拟器（PFES），这是一个从随机氨基酸序列开始，以原子分辨率模拟蛋白质进化的计算框架。 ２．作者利用PFES证明，稳定的球状蛋白质折叠可以相对容易地从随机序列进化而来，每个位点只需0.2到3个突变，与LUCA以来观察到的进化变化相当或更少。 ３．值得注意的是，大约一半进化出的蛋白质与已知的自然折叠（例如HTH、SH3和β三明治）相似，而其余的则是独一无二的，这凸
１．codonGPT引入了第一个直接在编码mRNA序列（密码子）上训练的生成语言模型，解决了基于RNA的序列建模中一个主要问题，该问题一直落后于DNA和蛋白质建模的进展。 ２．一项关键创新是使用推理时间同义逻辑掩蔽，确保生成的密码子序列以100%的保真度保留原始氨基酸序列，这对于治疗应用至关重要。 ３．强化学习（RL）首次在codonGPT的基础上用于优化特定蛋白质的密码子序列。这允许用户跨
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