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HEST-1k：用于空间转录组学和组织学图像分析的数据集
SPOTlight提供了一个工具，可以从单细胞参考中对细胞混合物进行反卷积。该工具最初是为 10X 的 Visium（空间转录组学）技术开发的，可用于所有输出细胞混合物的技术。它与 Bioconductor 的Single Cell Experiment和Spatial Experiment类以及密集和稀疏矩阵兼容。此外，该软件包还提供可视化工具来评估反卷积的结果。简而言之，SPOTlight它基
Baysor 是一款用于对基于成像的空间转录组学数据进行细胞分割的工具。它根据细胞的转录组成、大小和形状的可能性来优化分割。该方法可以考虑细胞核或细胞质染色，也可以仅基于检测到的分子进行分割。
SPATA2 ，一个全面的空间转录组学分析工具箱
通过整合单细胞和空间转录组学（细胞2位置模型）全面绘制组织细胞结构图
stLearn旨在全面分析空间转录组学 (ST) 数据，以研究未分离组织内的复杂生物学过程。ST 正在成为单细胞 RNA 测序的“下一代”，因为它为完整组织切片中细胞的转录谱添加了空间和形态背景。然而，现有的 ST 分析方法通常将捕获的空间和/或形态数据用作可视化工具，而不是将其用作模型开发的信息特征。我们开发了一种分析方法，该方法可利用所有三种数据类型：空间距离、组织形态和来自 ST 数据的基因
Stereopy是一款基础且全面的工具，用于基于空间转录组学数据（例如 Stereo-seq（空间增强分辨率组学测序）数据）进行数据挖掘和可视化。我们将在此添加更多分析工具，这些工具可能来自其他热门工具，也可能由我们自行开发，以满足多样化的需求。同时，我们仍在努力提升其性能和计算效率。
Spatial-eXpression-R：细胞类型识别（包括细胞类型混合）和空间转录组学的细胞类型特异性差异表达
用于从单细胞和空间分辨转录组学推断、可视化和分析细胞间通讯的 R 工具包
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